- Постановлением Президиума РАН в марте 1999 г. был создан Центр этнологических исследований как результат многолетней подготовительной работы его организатора доктора исторических наук, чл.-корр. РАН Раиля Гумеровича Кузеева, научных и научно-практических экспертных заключений РАН, обоснований со стороны Президиума УНЦ РАН. Директором-организатором ЦЭИ УНЦ РАН с 1999 по 2001 г. был чл.-корр. РАН Раиль Гумерович Кузеев
- В 2001–2003 гг. исполняющими обязанности директора были Айбулат Валиевич Псянчин и Мурад Джалилович Киекбаев.
- В мае 2003 г. на общем собрании Отделения историко-филологических наук РАН директором ЦЭИ избрана д.и.н. Айслу Билаловна Юнусова
- Постановлением Президиум РАН № 527 от 23 сентября 2008 г. Центр переименован в Институт этнологических исследований УНЦ РАН, утверждены основные направления его деятельности
- 15 декабря 2008 г. на общем собрании Отделения историко-филологических наук РАН д.и.н. Айслу Билаловна Юнусова избрана на должность директора Института на второй срок, утверждена в должности директора Постановлением Президиума РАН 20 января 2009 г.
- Постановлением Президиума РАН № 147 от 20 июня 2011 г. Институту присвоено имя его создателя Раиля Гумеровича Кузеева
- Постановлением президиума РАН №262 от 13 декабря 2011 г. институт переименован в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт этнологических исследований им. Р.Г Кузеева Уфимского научного центра Российской академии наук
