Отдел археологического наследия Южного урала, в ведение которого находятся археологические фонды, Исполняет обязанности заведующего отделом к.и.н. Бахшиев И.И. В отделе работают к.и.н., с.н.с. И.В. Антонов, к.и.н., н.с. Тузбеков А.И., к.и.н.,н.с. А.Т. Ахатов, к.и.н., м.н.с. Э.В. Камалеев, аспирант Колонских А.Г. Сотрудниками отдела организуются ежегодные экспедиционные выезды по районам Республики Башкортостан с целью сбора научного материала и пополнения археологических фондов ИЭИ УНЦ РАН.

Археологами ИЭИ УНЦ РАН впервые было предпринято комплексное исследование археологических памятников эпохи поздней бронзы на границе Европы и Азии, характеризующихся ярко выраженной синкретичностью – наличием в них признаков двух археологических культур – срубной и андроновской. На материале 108 поселенческих и погребальных памятников были исследованы характер, интенсивность и глубина срубно-алакульских контактов и результаты их воздействия на формирование признаков археологических культур поздних эпох, прежде всего в эпоху раннего железа. Изучены и обоснованы историко-культурные последствия срубно-алакульских взаимодействий в южноуральском регионе. Результаты были опубликованы в научной монографии (Рутто Н.Г. Срубно-Алакульские связи на Южном Урале. Уфа, Гилем. 2003).

Установлены факты прямой миграции в середине I тыс. до н.э. в приуральскую лесостепь из Зауралья военизированных групп кочевников сарматского круга – носителей раннепрохоровского комплекса инвентаря, занявшим в местной финно-угорской среде доминирующее положение. (Савельев Н.С. Месягутовская лесостепь в эпоху раннего железа. Уфа.: Гилем, 2007).

На материале широкого круга материальных и письменных источников были реконструированы основные этапы этнополитической истории башкир в эпоху средневековья. Результаты опубликованы в монографии: Антонова И.В. Башкиры в эпоху средневековья (очерки этнической и политической истории). Уфа: Издатель ИП Галлиуллин Д.А., 2012, 307 с.

Картографированы памятники средневековой черной металлургии и находки чугунных изделий на территории Башкортостана. Южноуральский регион охарактеризован как крупный центр «кустарной» черной металлургии. В монографии Рязанова С.В. «Металлургия на Южном Урале в XIII–XIV вв.» (Уфа, 2011) опубликованы результаты металлографического исследования кузнечных изделий чияликской культуры на примере находок из Горновского селища. Показана принадлежность чияликской кузнечной техники к приуральской технологической традиции, выявленной В.И. Завьяловым на материалах родановской и чепецкой культур Прикамья. Проведена археологическая разведка в Давлекановском р-не РБ, в окрестностях села Чуюнчи. Выявлены четыре новые местонахождения остатков средневековой черной металлургии. Одно из них залегает под культурным слоем деревни, предварительно датируемым второй половиной XVIII – первой половиной XX вв., что позволяет, с учетом археологических аналогий,  датировать остатки металлургического производства XIV–XV вв.

Разработаны проблемы этноархеологии, связанные с хозяйственным развитием населения Южноуральской этноконтактной зоны северной периферии Евразии. Рассмотрено традиционное хозяйство башкирского населения Миасско-Уйского междуречья в сер. XVIII – нач. XX вв. Выявлены интеграционные процессы западной и восточной культур – от кочевническо-скотоводческого к оседло-земледельческому хозяйственно-культурному типу (дополненному развитием охоты, рыболовства, различных промыслов, торговлей и т.д.) закончившиеся окончательным переходом к земледелию во 2-ой пол. ХХ в. (Ахатов А.Т. Курганские башкиры // История башкирского народа: в 7 т. / гл. ред. М.М. Кульшарипов. Уфа.: Гилем, 2010).

В настоящее время, сотрудниками отдела  проводится сверка археологических  фондов Института, готовятся материалы к систематизации и каталогизации археологических коллекций. В 2014 году планируется подготовить к изданию «Каталог археологических коллекций эпохи бронзы».