Музей археологии и этнографии активно занимается выставочной деятельностью. В 1980–1990-е годы в залах МАЭ прошли выставки «Находки года» (1980, 1982, 1985), вы ставка, посвященная 425-летию вхождения Башкирии в состав Русского государства (1982), выставки «Женские головные уборы и костюм народов Башкирии» (1988), «Сокровища сарматских курганов» (1992), «Женский костюм финно-угорских народов», «Чувашское народное искусство», «Русский мещанский быт начала ХХ в.», «Вышивка в интерьере жилища» (1996), «Филипповские курганы: предметы конской сбруи, глиняная посуда и женские украшения» (1997), персональные выставки художника-модельера А. Кирдякина и ученого-исследователя Р. Зиннурова. Отдельные экспонаты и коллекции музея принимали участие и на международных выставках.
Археологические экспонаты из фондов МАЭ экспонировались на Национальной выставке СССР (ФРГ, г. Дюссельдорф, 1982), этнографические – на выставке «Башкирский костюм: традиции и современность» (СССР, гг. Уфа, Казань, Ленинград; ГДР, г. Галле, 1985-1986). В 1990 г. археолог А. Х. Пшеничнюк представлял экспонаты золотой коллекции сарматской эпохи на международной выставке ювелирных фирм, проходившей в рамках международного гемоллогического симпозиума «Гемфест-90» в Италии (г. Виченца), а также на выставке «Русская неделя в Швеции» (г. Эребру). В 2000–2003 гг.
МАЭ в тесном сотрудничестве с Государственным Эрмитажем в рамках совместной международной выставки «Золотые олени Евразии: скифские и сарматские сокровища российских степей» осуществил показ скифских и сарматских ценностей в Музее Метрополитен (США, г. Нью-Йорк), в Музее современных искусств Палаццо Реале (Италия, г. Милан), в Государственном историческом музее (Москва), экспонаты демонстрировались во время торжеств по случаю 300-летия Санкт-Петербурга.
